San Sebastián de los Reyes toma su nombre de la ermita cercana (San Sebastián) y por la acción protectora de los monarcas (de los Reyes).

[…] Al iniciarse  la Revolución Gloriosa de 1868, el  alcalde Pedro Sanz cambia de nombre del municipio por el de San Sebastián de la Soberanía, acuerdo  que se adopta el 13 de Noviembre de 1868, aunque el 7 de Enero de 1869 recobra el original. […]

[…] Durante un periodo de la Guerra Civil (1936-1939), el municipio cambiaría  de nuevo de nombre, pasando a denominarse San Sebastián de Madrid. […] @ssreyes

Voy a hacer una previsión como las de AEmet…

Como desde 1800 su nombre cambia al menos una vez cada 100 años, hay altas probabilidades de que en los próximos años un gobierno republicano le cambie el nombre a San Sebastián de los Reyes por algo como «Don Pedro de la calidad democrática».