En 1999 entra a Minardi (Formula Nissan) como sustituto de Marc Gené en el Euro Open by Nissan, en la que Alonso logra 6 poles, 5 vueltas rápidas y 6 victorias que a la postre le otorgaron el campeonato Euro Open Movistar de ese año.
De la Fórmula Nissan pasó a la Fórmula 3000 Internacional en el equipo Team Astromega. Alonso obtuvo la pole y ganó en la carrera de Bélgica y quedó segundo en la de Hungría. Por tanto, se ubicó cuarto en la clasificación general en el año de su debut, quedando por detrás de Bruno Junqueira, Nicolas Minassian y Mark Webber.